安全認證優質企業貨物輸出人及納稅義務人所享有之優惠，規範於優質企業認證及管理辦法第14、15 條。與一般優質企業相較，安全認證優質企業之進出口貨物享有「最低」之文件審查及貨物抽驗比率，而一般優質企業享有「較低」之抽驗比率；另對於安全認證優質企業，海關得設立貨物未放行案件處理單一窗口，提供廠商查詢並協助解決通關流程問題，並得申請使用非侵入方式查驗貨物，另出口報單離岸價格或進口報單完稅價格為新台幣1億元以上者，得以免審免驗通關；而對於一般優質企業，則未提供此項優惠措施。此外，未來與其他國家簽署AEO 相互承認協議，促使在我國獲得優質企業認證之業者，在完成相互承認之其他國家亦可比照該國AEO享有同等優惠，亦僅只有針對安全認證優質企業。進一步而言，在AEO 制度的國際蓬勃發展趨勢及其貿易夥伴安全的規定下，如獲得安全認證優質企業，將可提升在國際貿易供應鏈中拓展業務、爭取貿易夥伴合作機會之競爭力，而為業者提供較多商機。

依優質企業認證及管理辦法第12條第3項之規定，安全認證優質企業原於3年資格效期屆滿前3個月，應向海關重新申請資格認證。海關除書面審查申請文件，亦按該業者所提自我評估表重新辦理驗證，耗費業者成本與海關人力甚鉅。為簡政便民，經修正該條規定，業者僅須每3年向海關申請校正，由海關進行文件審核，並同時辦理驗證。若業者符合每年自我檢查，並經海關抽查無訛或依限完成改善者，免辦理驗證。

與國際貿易貨物流通有關之供應鏈相關業者，包含：納稅義務人、貨物輸出人、製造業、報關業、承攬業、船務代理業、倉儲業、公路運輸業、海運運輸業、空運運輸業。

並未要求業者在提出申請安全認證優質企業時，即需100%完全符合安全認證優質企業所有驗證基準的要求，海關於受理申請、審核書面資格、進行驗證期間，業者仍有機會進行持續改進，針對未達標準部分完成改善。基本上，「持續改善」可說是供應鏈安全及安全認證優質企業之核心精神。

一般來說，如能經過相關專業單位之輔導，業者應該對申辦安全認證優質企業之各項作業，尤其是在填寫自我評估表及接受驗證等工作項目，會有較清楚具體之準備方向。不過就海關立場及法規面而言，並未規定業者必須先經過輔導，才可提出申請或獲得認證資格；如業者本身各項條件成熟並熟悉安全認證優質企業制度規定，亦可直接向海關提出申請。

海關除經向認證合格之安全認證優質企業收取新台幣2000元核發證書之規費外，並未收取其他任何費用。惟申請業者若為達成安全認證優質企業之各項標準要求，衡量本身現行條件尚有不足之處，而進行軟、硬體項目之改善，則可能產生其他之投資成本。

我國自98年底實施AEO認證制度以來，業與美國、新加坡、以色列、韓國、澳大利亞、日本及印度簽署AEO相互承認協議(MRA)，並與中國大陸實施兩岸海關AEO互認試點。與我國實施AEO相互承認合作之國家，其AEO廠商出口至我國貨物將可享受更快速、便捷之通關措施，對提升其產品於我國競爭力將甚有助益；而相對地，我國安全認證優質企業出口貨物至上開與我實施AEO相互承認合作國家，亦可享受更快速、便捷之通關措施。

依現行優質企業認證及管理辦法第12條第1項之規定，海關應自受理申請之次日起三個月內完成資格認證；必要時，得予延長，並通知申請人。延長以一次為限，最長不得逾三個月。亦即最長海關應自受理之次日起六個月內完成資格認證。

原則1，經向海關申請登記為運輸業、報關業、貨棧業、貨櫃集散棧、物流中心、保稅倉庫、保稅工廠、或為加工出口區內事業、農業科技園區生產事業與科學工業園區事業者，以其監管海關所屬地區關為受理關。 原則2，無監管海關者，則受理關之劃分以業者統一編號所在地為依據： 基隆關：基隆、台北、宜蘭、花蓮、連江 台北關：桃園、新竹 台中關：苗栗、台中、彰化、南投、雲林 高雄關：嘉義、台南、高雄、屏東、台東、澎湖、金門

依優質企業認證及管理辦法第10條第2項之規定，針對安全認證優質企業安全審查項目及其驗證基準，申請人出具國內外安全認證機關(構)所核發驗證合格之證書，經海關審查後，得就符合項目部分承認之。有關前開機關(構)，由財政部關務署公告並刊登行政院公報。

有關經海關或其認可之民間機構所舉辦優質企業供應鏈安全專責人員訓練之相關訊息，將會刊登在優質企業認證及管理機制系統之網站上，供外界瀏覽查詢。

原則上，海關會視實際需要，在申請業者的供應鏈商業夥伴中，挑選其中幾家進行實地驗證，但進行商業夥伴的驗證前，會先通知申請業者並洽商確認各項時程安排，俾便該業者及其商業夥伴有充分時間進行相關準備。

請參考本網站：AEO申辦專區>AEO認證申請表格>申請優質企業認證自我評估表 該範本僅供作為填寫方式之參考，屆時業者填寫自我評估表時，仍需按實際及自身個別情況作適度調整。